Après seulement 2 petites minutes de recherche j'ai trouvé la solution pour ceux que ça intéresse.
ATTENTION : Uniquement valable pour la nouvelle version (à partir de 1.6) car ce ne sont pas les mêmes fichiers :
Après avoir crée vos champs personnalisés, allez dans Affichage > Vues > checkout / fields.php
Tout supprimer et remplacer par :
<?php
/**
 * @package    HikaShop for Joomla!
 * @version    1.6.0
 * @author    hikashop.com
 * @copyright  (C) 2010-2012 HIKARI SOFTWARE. All rights reserved.
 * @license    GNU/GPLv3 http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html
 */
defined('_JEXEC') or die('Restricted access');
?>
<?php if(hikashop_level(2) && !empty($this->extraFields['order'])){ ?>
<?php } ?>
(Bien sur vous pouvez aussi cacher le div avec "display: none;")
Ensuite, allez dans la vues checkout > payment et insérez ce code, j'ai mis des commentaires pour que vous puissiez comprendre :
<?php if(hikashop_level(2) && !empty($this->extraFields['order'])){ ?>
    <script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.3/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
    <script>
    // Une fois que la page est chargee
    $(document).ready(function(){
      // On ajoute l’evenement change à la balise input qui a pour "name=choix", cet évènement se declenchera à chaque changement de valeur de l'input
      $("input[name=choix]").change(function(){
        if($(this).attr("value")=="1")
        {
          // Si la valeur de l'input == 1 alors on affiche le div qui a pour "id=hikashop_checkout_additional_info".
          $("#hikashop_checkout_additional_info").show();
        }
      });
    });
    </script>
    <input type="radio" name="choix" value="1" /> Par prélèvement automatique
 
<div  id="hikashop_checkout_additional_info" style="display:none;" class="hikashop_checkout_additional_info">
  <fieldset class="input">
    <legend><?php echo JText::_('ADDITIONAL_INFORMATION');?></legend>
    <table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0" class="hikashop_contentpane">
  <?php
    if(!empty($this->extraFields['order'])){
      JRequest::setVar('hikashop_check_order',1);
      $this->setLayout('custom_fields');
      $this->type = 'order';
      echo $this->loadTemplate();
    }
  ?>
    </table>
  </fieldset>
</div>
<div style="clear:both"></div>
<?php } ?>
Voili voilou, à modifier en fonction de vos besoins