Bonjour,
Trois possibilités:
1. vous avez vider la table hikashop_product_category dans la base de données. C'est elle qui contient le lien entre les catégories et les produits.
2. Vous avez un problème avec votre template. Passez temporairement sur le template protostar pour vérifier si c'est cela. Si oui, alors cela vient surement du fichier templates/YOUR_TEMPLATE/html/com_hikashop/category/listing.php Renommez-le et cela aidera.
3. Vous avez un problème avec les options de votre élément de menu, dans l'onglet "product options". Il faudrait une capture d'écran des options de votre élément de menu pour vous dire si il y a un soucis avec les options.