Hola,
Cambiar esta opción solo afecta a los próximos guardados, no modifica las descripciones ya guardadas. Lo más probable es que esos productos se hayan guardado antes, mientras el filtro estaba activo: además de los iframes, el filtro elimina también otras etiquetas, como las etiquetas style, lo que rompe el diseño de las descripciones que las usaban. Las pruebas que hizo en la configuración de TinyMCE también pudieron cambiar el código de las descripciones guardadas en ese momento.
Lo que se eliminó al guardar ya no está en la base de datos, así que hay que corregir la descripción de cada producto afectado: abra el producto, revise el código de la descripción con el botón "Toggle Editor" de TinyMCE, vuelva a poner el diseño original (o restaure la descripción desde una copia de seguridad si tiene una) y guarde. Con el filtro desactivado, ya no se eliminará nada.